В лицее при Филиале Московского государственного университета имени М.В. Ломоносова в городе Душанбе функционируют несколько предметных кружков по математике, химии, физике, биологии, английскому языку, русскому языку, литературе и информатике. На предметных кружках с учащимися лицея занимаются остепененные и высококвалифицированные преподаватели и учителя.

Целью предметных кружков является ориентация учебно-воспитательного процесса на удовлетворение потребностей и интересов школьников, развитие их способностей. В процессе достижения поставленной цели решаются следующие задачи:

• совершенствуется деятельность образовательного учреждения во второй половине дня;
• формируется творческая активность учащихся;
• развивается детская одаренность;
• формируются и совершенствуются навыки исследовательской деятельности.

Предметные кружки в Лицее при Филиале МГУ имени М.В. Ломоносова в г. Душанбе проводятся следующими преподавателями:

• математика – А.А. Давлатов; А.Ш. Шарифзода, М.Ф. Абдукаримов;
• физика – В.И. Дастури, Р.К. Рахмонов, А.Н. Шварц;
• химия – В.М. Матвеев;
• биология – А.М. Бахромов;
• география – Л.У. Джахонов;
• информационные технологии – Г.Н. Шозиёев;
• русский язык – Л.Н. Ниязова;
• английский язык – Д.И. Саидов.